Annotation structurale et fonctionnelle des protéomes (M2)

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Recherche de stagiaire niveau M2 - 6mois
Sujet : Annotation structurale et fonctionnelle des protéomes (développement web et administration GNU/linux).

Notre projet a pour objectif le développement de nouveaux algorithmes et outils informatiques pour mettre en place la chaîne de traitement nécessaire à annotation structurale et fonctionnelle des protéomes. Spécialisé en bioinformatique structurale, nous travaillons sur un certain nombre de problématiques liées (identification en séquence et en structure des régions répétées en tandem portées par les protéines, études des régions amyloïdogéniques, prédiction de la structure des protéines, ...). Au cours de nos travaux nous avons développé de nombreux d'outils que nous souhaiterions rendre plus largement accessibles au reste de la communauté scientifique. Votre travail consistera à créer un nouveau (ou à améliorer l'actuel) site web intégrant ces divers outils.

Le développement se ferait en PHP (nous sommes ouvert à d'autres proposition de technologies), nous attendons du stagiaire une certaine rigueur quand à l'architecture et à la documentation du site web et des services sous-jacents. Outre ces compétences en développement web nous attendons de la part du stagiaire une bonne maîtrise de l'environnement GNU/linux (le serveur hébergeant les outils de l'équipe utilise debian).

Le stage s'effectuera en lien avec l'Institut de Biologie Computationelle (Institut de Biologie Computationnelle – IBC, http://www.ibc-montpellier.fr/)

Début dès que possible à partir de mars 2016.

Les candidatures (CV et lettre de motivation) sont à envoyer en format électronique à:
Andrey Kajava (This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.)
http://www.crbm.cnrs.fr/index.php/fr/andrey-kajava 

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M2 internship of 6 months: Structural and functional annotation of proteomes. (administration GNU/linux and web-development ).

Our project deals with the development of new algorithms, software, databases and workflows required to undertake structural and functional annotation of proteomes. We have developed a number of bioinformatics tools that we want to make available for the scientific community. Your project will consist of the construction (or update) of our web-site by integration of new computer tools.

The web development will be undertaken utilizing PHP (we are opened to the utilization of other technologies, within reason), we require an intern that has strong capabilities in web architecture and website documentation, in addition to knowledge of back-end web services. Along with a high level of competence in web development, we require an intern with a background in GNU/linux based environments (our in-house server is debian based).

The internships will also be linked to the Institute of Computational Biology (Institut de Biologie Computationnelle – IBC, http://www.ibc-montpellier.fr/ ).

Required skills: Computer programming skills (using PHP or equivalent) and mastering of the GNU/Linux environment (debian)
CV and motivation letter should be sent to : Andrey Kajava (This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.)