Courses by IBC members

Formation Continue

Stages

Ecole chercheurs

Formation Initiale

 

Détails des formations  par WP

Workpackage 1

Masters

Titre : D-tec Bio - Ingénierie Bioinformatique Appliquée
Niveau : M2
Durée : 25 h soit la totalité de l'UE de 2.5 ECTS
Responsable : David Piquemal
contenu : Find distant sequence homologs that may not be identified by BLAST; Use different BLAST programs such as blastn, blastp, tblastn effectively; Limit your BLAST searches to make them more specific and understand the output; Identify a disease gene using NCBI's human genome assembly; Obtain information about a disease gene such as its sequence, exon-intron structure, and known single nucleotide polymorphisms; Identify conserved domain(s) present in a protein; Search for other proteins containing similar domain(s); Visualize 3D protein structures.

Plus de détails : Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage

Titre : Bioinformatique, Connaissances, Données (Université de Montpellier) - Analyse de données
Niveau M2
Durée :
Responsables : Annie Chateau, Konstantin Todorov
Contenu : cette UE propose une remise à niveau en probabilités élémentaires et statistiques, développe les concepts sous-jacents aux test paramétriques et non-paramétriques usuels, le clustering, et l'Analyse en Composantes Principales.

Titre : Bioinformatique, Connaissances, Données (Université de Montpellier) - Algorithmique du texte
Niveau : M2
Durée :
Responsables : Sèverine Bérard, Eric Rivals
Contenu : cette UE, proposée aux étudiants ayant des bases en informatique, expose les algorithmes classiques en alignement, recherche de motifs et indexation de données textuelles.

Titre : Licence informatique - Algorithmique du texte
Niveau : L3
Durée :
Responsables : Annie Chateau, Sylvain Daudé, Alban Mancheron
Contenu : cette UE propose une initiation à tout un éventail de notions, concepts et algorithmes utiles pour la recherche de motifs, indexation, alignements

Formation Continue

Titre : Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS)
Durée : 28 h
Responsable : Eric RIVALS
Contenu: Cette formation délivrée par la plateforme ReNaBi Grand-Sud ATGC-NGS présente les principes et méthodes de l'analyse de données NGS pour
- la localisation des lectures sur un génome de référence,
- l'assemblage de génome,
- l'analyse différentielle de transcriptomes,
- la prédiction de variations génomiques et
- la prédiction de variants d'épissage,
avec ou sans génome de référence pour les deux dernières analyses. La formation théorique est complétée par des travaux dirigés et pratiques sur ces cinq aspects. Cette formation aborde l'analyse des lectures courtes de 2ème génération (e.g. Illumina), ainsi que des lectures longues de 3ème génération (e.g. Pacific Biosciences).0
Plus de détail : https://cnrsformation.cnrs.fr/stage.php?stage=15205

Workpackage 2

Formation continue:

Titre : Analyse de séquences sous Galaxy
Durée : 32h
Responsable : Jean-François Dufayard et Vincent Ranwez
Contenu : Formation annuelle en bioinformatique pour les plantes. Cette formation est ouverte aux publics, privés, et avec des places réservées au parcours APIMET/SEPMET de l'école SupAgro Montpellier en dernière année.
Plus de détails : http://www.southgreen.fr/node/73749

Titre : Phylogénie moléculaire
Durée : 31h
Responsable : Olivier Gascuel
Contenu : Acquérir des connaissances théoriques et pratiques en phylogénie moléculaire; Etre autonome dans la conduite d'une analyse phylogénétique; Maîtriser le choix, le paramétrage et l'exploitation des résultats des programmes de phylogénie
Plus de détails : https://cnrsformation.cnrs.fr/stage.php?stage=15106&axe=77

Ecoles chercheurs

Les membres du WP2 participent aussi régulièrement à des formations organisées par d'autres institutions :

Master

Titre : Bioinformatique, Connaissances, Données (Université de Montpellier) - Algorithmique et optimisation pour la bioinformatique avancées (GMIN305)
Niveau M2
Durée : 51h
Responsable : Annie Chateau et Séverine Bérard
Contenu : L'U.E. donne un panorama des algorithmes utilisés en bioinformatique ou en biologie pour la comparaison de séquences moléculaires et la phylogénie.
Plus de détails : http://offreformation.univ-montp2.fr/um2/en-EN/fiche/description/FRUAI0341088YPRME51/N11396

Titre : Master Biostatistique − Analyse des séquences biologiques
Niveau: M2
Durée : 21h
Responsable : Laurent Bréhélin et Fabio Pardi
Contenu : Les séquences biologiques (ADN, protéines) constituent une source d'information majeure sur le vivant. Avec les progrès de la génomique, elles sont aujourd'hui acquises à très bas coût et trouvent des applications dans de nombreux domaines en biologie moléculaire et cellulaire, santé, agronomie et environnement. Ce module présentera les modèles utilisés pour analyser ces séquences.
Plus de détails : http://offreformation.univ-montp2.fr/um2/fr-FR/fiche/description/FRUAI0342123NPRME157/N10312

Titre : Master Biostatistique − Modèles et inférence en génétique des populations
Niveau: M2
Durée : 20h
Responsable : Raphaël Leblois , Jean-Michel Marin et François Rousset
Contenu : L'objectif de ce cours est de donner une introduction à l'analyse statistique de la variation génétique des populations naturelles.
Plus de détails : http://www.agro-montpellier.fr/um2/um1/masterbiostatistique/detail_ue.php#rousset

Titre : Master B2E Parcours Darwin − Analyse de données en génétique des populations (GMBE33A)
Niveau: module optionnel de M2, ouvert aux étudiants de l'ED SIBAGHE
Durée : 24h
Responsable : Renaud Vitalis et Raphaël Leblois
Contenu : Les objectifs de ce module sont (i) de rappeler les bases théoriques des concepts essentiels de la génétique des populations ; (ii) de détailler les méthodes d'analyse 'classiques' (F-statistiques, isolement par la distance, etc.) et plus récentes (qui reposent, par exemple, sur la théorie de la coalescence) utilisées en génétique des populations ; (iii) de montrer, par des exemples concrets, ce que l'on peut inférer de l'histoire démographique des populations à partir de l'étude du polymorphisme génétique. Le module est organisé autour d'une alternance de cours et de travaux dirigés visant à montrer des cas concrets en biologie de la conservation, biologie évolutive et agronomie.
Plus de détails : http://mon.univ-montp2.fr/claroline/course/index.php?cid=GMBE33A

Titre : « Erasmus Mundus Master Programme in Evolutionary Biology: MEME » - Genetic Data Analysis (FMOB219)
Niveau : module obligatoire de M1
Durée : 5J
Responsable : Renaud Vitalis et Raphaël Leblois
Contenu : The objectives of this course are threefold (i) to recall the theoretical bases of some essential concepts of population genetics theory; (ii) to detail some "classical" inference methods (e.g., F-statistics) and more "modern" approaches (based, e.g., on coalescent theory); (iii) to show how demographic history may be inferred from the analysis of genetic polymorphisms.
Plus de détails : http://mon.univ-montp2.fr/claroline/course/index.php?cid=FMOB219

Workpackage 3

Master

Titre : BIOLOGIE SANTE Spécialité BIO-MED - Outils de manipulations des génomes et d'expression des gènes - Bioinformatique structurale: relations entre séquence, structure et fonction des protéines
Niveau : M2
Durée : 3h
Responsable : Andrey Kajava
Contenu : Bioinformatique structurale: relations entre séquence, structure et fonction des protéines
Plus de détails : http://master.igmm.cnrs.fr/www/spip.php?article124

Activités d'enseignement de Marie-Thérèse Château
Maître de Conférences, Université de Montpellier
Participation aux enseignements de Microbiologie et Biotechnologie (250 h eq. TD) : Ces enseignements sont répartis en CM (92 h), TD (20 h) et TP (138 h)

Ils sont essentiellement dispensés dans le cadre des 3 UE (niveau M1/M2) dont je suis responsable :
- Micro-organismes et fermentations (6 ECTS) : 40 étudiants
- BiotechŒnologie (6 ECTS) : 40 étudiants
- Outils pour la recherche - Analyse des aliments (15 ECTS) : 25 étudiants
Les deux premières UE sont constitutives du Diplôme National d'Œnologue
La troisième UE est labellisée « Erasmus Mundus » dans le cadre du Master Edamus

Marie-Thérèse Château intervient également dans le cadre des spécialités Biotin (UE « Biotechnologie, Innovation pharmaceutique ») et Ingénierie Santé (UE « Biotechnologies pharmaceutiques ») du Master Biologie Santé (CM: 9h)

Marie-Thérèse Châtea participe également aux jurys du Master Biologie Santé (25h eq TD) :
notamment dans le cadre des spécialités : Ingénierie Santé, Biomed, Nutrition, agro-valorisation et sécurité de l'aliment

Workpackage 4

Module Doctoral sur thème de l'image

Titre : Module Image
Formation ouverte au doctorants I2S et aux chercheurs interessés par les techniques de traitement d'image et de vision par ordinateur
Responsables: Olivier Strauss et Benjamin Gilles
Durée : 3 jours (18h)
Contenu: Les thèmes abordés dans ces conférences sont très larges. Ils portent généralement à la fois sur l'aspect fondamental du traitement d'image ainsi que sur l'aspect applicatif. Les conférenciers présentent un thème fort de leur équipe de recherche dont leur laboratoire est spécialiste au niveau national et international.
Plus de détails : http://www.lirmm.fr/ModuleImage/

Ecoles chercheurs

Titre : Yearly Interdisciplinary Spring School on Plant and Animal Morphogenesis
Formation ouverte au Master, Phd et jeune post-doc interressé par la biologie du developpement.
Responsables : Patrick Lemaire et Christophe Godin
Durée : 5 jours (40h)
Contenu : The program focuses on the physical, molecular, and cellular mechanisms that determine cell and tissue shapes during animal and plant development. In addition to formal lectures, hands-on training in computational simulations, tailored to the students skills, will be provided.

Workpackage 5

Master

Titre : Master DECOL - Informatique: Partage de données à grande échelle
Niveau : M2
Durée : 45h
Responsable : Esther Pacitti
Contenu : comprendre les principes et les fondements des systèmes de gestion de données distribués et parallèles à grande échelle, notamment pour le big data.
Livres de référence:
1. Tamer Özsu et Patrick Valduriez. Principles of Distributed Database Systems. 3rd edition, Springer, 2011.
2. Esther Pacitti, Reza Akbarinia, Manal El Dick. P2P Techniques for Decentralized Applications. Synthesis Lectures on Data Management, Morgan & Claypool Publishers 2012.
Plus de détails : http://offreformation.univ-montp2.fr/um2/en-EN/fiche/description/FRUAI0341088YPRME51/N113A4

Ecole chercheurs

Sarah Cohen-Boulakia est intervenue dans l’école « Cumulo-Numbio : Le cloud computing pour les sciences du vivant » ainsi que dans l’ecole « DigiCosme Spring School 2015 on Data Management »